1584 - 1642 Im Truchseßischen und im Dreißigjährigen Krieg aber, zwischen,
wurde das Kloster mehrfach eingenommen, teilweise niedergebrannt und immer wieder verwüstet.In zwei Bauphasen
1548 - 1664 und von 1730 – 1740 wurde das Kloster zu einer sehr bedeutenden Anlage wieder aufgebaut. Doch bereits
1794 überfielen und plünderten französische Revolutionstruppen das Kloster. Die umwohnende Bevölkerung nahm den Rest. Das Kloster wurde schließlich Magazin und Kaserne, die Kirche Pferdestall.
1804 wurde das zerstörte Kloster mit Teilen des Grundbesitzes vom französischen Fiskus zum Verkauf angeboten und von den Brüdern Friedrich und Konrad von der Leyen, Seidenfabrikanten aus Krefeld, gekauft.
1870 - 1876 Erst 1870 bis 1876 baute Mathilde Freifrau von der Leyen Haus Meer vollständig wieder aus.
Während Mathilde in Bloemersheim wohnen blieb, zog ihr Sohn Friedrich Ludwig Freiherr von der Leyen in Haus Meer ein, von wo aus er als Mitglied des preußischen Herrenhauses, Kommunalpolitiker, Landrat, Deichgräf, Vorstand zahlreicher Vereine und Vorsitzender großer karitativer Verbände und Einrichtungen, unter Anderem der Diakonie Kaiserswerth, wichtige Zeichen setzte und Spuren seines Wirkens bis heute hinterließ. Nach seinem Tode
1935 zog sein Sohn Joachim nicht mehr nach Meer.
Bereiche des Schlosses wurden vermietet.
1943 fielen das Schloß Haus Meer und Teile der Wirtschaftsgebäude einem Luftangriff zum Opfer. Die Wirtschaftsgebäude wurden zügig wieder aufgebaut, das Schloß blieb Ruine und wurde
1959 gesprengt und abgetragen.
Die beeindruckenden Kellergewölbe gaben noch lange Zeit Zeugnis von der Größe dieses Schlosses und der wechselnden Baugeschichte vom römischen Gutshaus bis zum klassizistischen Schloß.
1960 wurden Park und Schloßgrundstück von Huberta Freifrau von der Leyen an den Gesamtverband er evangelischen Kirchengemeinden in Düsseldorf verkauft. Es traf ihre Vorstellungen, daß auf dem ehemals klösterlichen Grund eine kirchliche Begegnungstätte entstehen sollte.
Es ist bedauerlich, daß dieses in der Tradition des Klosters Meer stehende Projekt nicht verwirklicht werden konnte.